Title : Whole-genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains - Fleischmann_2002_J.Bacteriol_184_5479
Author(s) : Fleischmann RD , Alland D , Eisen JA , Carpenter L , White O , Peterson J , Deboy R , Dodson R , Gwinn M , Haft D , Hickey E , Kolonay JF , Nelson WC , Umayam LA , Ermolaeva M , Salzberg SL , Delcher A , Utterback T , Weidman J , Khouri H , Gill J , Mikula A , Bishai W , Jacobs Jr WR, Jr. , Venter JC , Fraser CM
Ref : Journal of Bacteriology , 184 :5479 , 2002
Abstract :

Virulence and immunity are poorly understood in Mycobacterium tuberculosis. We sequenced the complete genome of the M. tuberculosis clinical strain CDC1551 and performed a whole-genome comparison with the laboratory strain H37Rv in order to identify polymorphic sequences with potential relevance to disease pathogenesis, immunity, and evolution. We found large-sequence and single-nucleotide polymorphisms in numerous genes. Polymorphic loci included a phospholipase C, a membrane lipoprotein, members of an adenylate cyclase gene family, and members of the PE/PPE gene family, some of which have been implicated in virulence or the host immune response. Several gene families, including the PE/PPE gene family, also had significantly higher synonymous and nonsynonymous substitution frequencies compared to the genome as a whole. We tested a large sample of M. tuberculosis clinical isolates for a subset of the large-sequence and single-nucleotide polymorphisms and found widespread genetic variability at many of these loci. We performed phylogenetic and epidemiological analysis to investigate the evolutionary relationships among isolates and the origins of specific polymorphic loci. A number of these polymorphisms appear to have occurred multiple times as independent events, suggesting that these changes may be under selective pressure. Together, these results demonstrate that polymorphisms among M. tuberculosis strains are more extensive than initially anticipated, and genetic variation may have an important role in disease pathogenesis and immunity.

PubMedSearch : Fleischmann_2002_J.Bacteriol_184_5479
PubMedID: 12218036
Gene_locus related to this paper: myctu-a85a , myctu-a85b , myctu-a85c , myctu-bpoC , myctu-d5yk66 , myctu-ephA , myctu-ephB , myctu-ephc , myctu-ephd , myctu-ephE , myctu-ephF , myctu-hpx , myctu-linb , myctu-lipG , myctu-LPQP , myctu-MBTB , myctu-metx , myctu-mpt51 , myctu-MT3441 , myctu-p71654 , myctu-p95011 , myctu-PKS6 , myctu-PKS13 , myctu-ppe42 , myctu-ppe63 , myctu-Rv1430 , myctu-RV0045C , myctu-Rv0077c , myctu-Rv0151c , myctu-Rv0152c , myctu-Rv0159c , myctu-Rv0160c , myctu-rv0183 , myctu-Rv0217c , myctu-Rv0220 , myctu-Rv0272c , myctu-RV0293C , myctu-RV0421C , myctu-RV0457C , myctu-RV0519C , myctu-RV0774C , myctu-RV0782 , myctu-RV0840C , myctu-Rv1069c , myctu-Rv1076 , myctu-RV1123C , myctu-Rv1184c , myctu-Rv1190 , myctu-Rv1191 , myctu-RV1192 , myctu-RV1215C , myctu-Rv1399c , myctu-Rv1400c , myctu-RV1639C , myctu-RV1683 , myctu-RV1758 , myctu-Rv1800 , myctu-Rv1833c , myctu-Rv2045c , myctu-RV2054 , myctu-Rv2284 , myctu-RV2296 , myctu-Rv2385 , myctu-Rv2485c , myctu-RV2627C , myctu-RV2672 , myctu-RV2695 , myctu-RV2765 , myctu-RV2800 , myctu-RV2854 , myctu-Rv2970c , myctu-Rv3084 , myctu-Rv3097c , myctu-rv3177 , myctu-Rv3312c , myctu-RV3452 , myctu-Rv3487c , myctu-Rv3569c , myctu-Rv3591c , myctu-RV3724 , myctu-Rv3802c , myctu-Rv3822 , myctu-y0571 , myctu-y963 , myctu-Y1834 , myctu-y1835 , myctu-y2079 , myctu-Y2307 , myctu-yc88 , myctu-ym23 , myctu-ym24 , myctu-YR15 , myctu-yt28

Related information

Gene_locus myctu-a85a    myctu-a85b    myctu-a85c    myctu-bpoC    myctu-d5yk66    myctu-ephA    myctu-ephB    myctu-ephc    myctu-ephd    myctu-ephE    myctu-ephF    myctu-hpx    myctu-linb    myctu-lipG    myctu-LPQP    myctu-MBTB    myctu-metx    myctu-mpt51    myctu-MT3441    myctu-p71654    myctu-p95011    myctu-PKS6    myctu-PKS13    myctu-ppe42    myctu-ppe63    myctu-Rv1430    myctu-RV0045C    myctu-Rv0077c    myctu-Rv0151c    myctu-Rv0152c    myctu-Rv0159c    myctu-Rv0160c    myctu-rv0183    myctu-Rv0217c    myctu-Rv0220    myctu-Rv0272c    myctu-RV0293C    myctu-RV0421C    myctu-RV0457C    myctu-RV0519C    myctu-RV0774C    myctu-RV0782    myctu-RV0840C    myctu-Rv1069c    myctu-Rv1076    myctu-RV1123C    myctu-Rv1184c    myctu-Rv1190    myctu-Rv1191    myctu-RV1192    myctu-RV1215C    myctu-Rv1399c    myctu-Rv1400c    myctu-RV1639C    myctu-RV1683    myctu-RV1758    myctu-Rv1800    myctu-Rv1833c    myctu-Rv2045c    myctu-RV2054    myctu-Rv2284    myctu-RV2296    myctu-Rv2385    myctu-Rv2485c    myctu-RV2627C    myctu-RV2672    myctu-RV2695    myctu-RV2765    myctu-RV2800    myctu-RV2854    myctu-Rv2970c    myctu-Rv3084    myctu-Rv3097c    myctu-rv3177    myctu-Rv3312c    myctu-RV3452    myctu-Rv3487c    myctu-Rv3569c    myctu-Rv3591c    myctu-RV3724    myctu-Rv3802c    myctu-Rv3822    myctu-y0571    myctu-y963    myctu-Y1834    myctu-y1835    myctu-y2079    myctu-Y2307    myctu-yc88    myctu-ym23    myctu-ym24    myctu-YR15    myctu-yt28
Gene_locus_frgt myctu-a85a    myctu-a85b    myctu-a85c    myctu-bpoC    myctu-d5yk66    myctu-ephA    myctu-ephB    myctu-ephc    myctu-ephd    myctu-ephE    myctu-ephF    myctu-hpx    myctu-linb    myctu-lipG    myctu-LPQP    myctu-MBTB    myctu-metx    myctu-mpt51    myctu-MT3441    myctu-p71654    myctu-p95011    myctu-PKS6    myctu-PKS13    myctu-ppe42    myctu-ppe63    myctu-Rv1430    myctu-RV0045C    myctu-Rv0077c    myctu-Rv0151c    myctu-Rv0152c    myctu-Rv0159c    myctu-Rv0160c    myctu-rv0183    myctu-Rv0217c    myctu-Rv0220    myctu-Rv0272c    myctu-RV0293C    myctu-RV0421C    myctu-RV0457C    myctu-RV0519C    myctu-RV0774C    myctu-RV0782    myctu-RV0840C    myctu-Rv1069c    myctu-Rv1076    myctu-RV1123C    myctu-Rv1184c    myctu-Rv1190    myctu-Rv1191    myctu-RV1192    myctu-RV1215C    myctu-Rv1399c    myctu-Rv1400c    myctu-RV1639C    myctu-RV1683    myctu-RV1758    myctu-Rv1800    myctu-Rv1833c    myctu-Rv2045c    myctu-RV2054    myctu-Rv2284    myctu-RV2296    myctu-Rv2385    myctu-Rv2485c    myctu-RV2627C    myctu-RV2672    myctu-RV2695    myctu-RV2765    myctu-RV2800    myctu-RV2854    myctu-Rv2970c    myctu-Rv3084    myctu-Rv3097c    myctu-rv3177    myctu-Rv3312c    myctu-RV3452    myctu-Rv3487c    myctu-Rv3569c    myctu-Rv3591c    myctu-RV3724    myctu-Rv3802c    myctu-Rv3822    myctu-y0571    myctu-y963    myctu-Y1834    myctu-y1835    myctu-y2079    myctu-Y2307    myctu-yc88    myctu-ym23    myctu-ym24    myctu-YR15    myctu-yt28    myctu-MT0973

Citations formats

Fleischmann RD, Alland D, Eisen JA, Carpenter L, White O, Peterson J, Deboy R, Dodson R, Gwinn M, Haft D, Hickey E, Kolonay JF, Nelson WC, Umayam LA, Ermolaeva M, Salzberg SL, Delcher A, Utterback T, Weidman J, Khouri H, Gill J, Mikula A, Bishai W, Jacobs Jr WR, Jr., Venter JC, Fraser CM (2002)
Whole-genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains
Journal of Bacteriology 184 :5479

Fleischmann RD, Alland D, Eisen JA, Carpenter L, White O, Peterson J, Deboy R, Dodson R, Gwinn M, Haft D, Hickey E, Kolonay JF, Nelson WC, Umayam LA, Ermolaeva M, Salzberg SL, Delcher A, Utterback T, Weidman J, Khouri H, Gill J, Mikula A, Bishai W, Jacobs Jr WR, Jr., Venter JC, Fraser CM (2002)
Journal of Bacteriology 184 :5479